23 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Wates dilalui 23 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Bandara YIA | #5 | 04:44 | 04:46 |
| Batavia | #74 | — | 16:37 |
| Bengawan | #73 | 16:38 | 16:40 |
| Bogowonto | #6 | 08:47 | 08:49 |
| Commuter Line Prameks Kutoarjo | #5 | 05:44 | 05:45 |
| Fajar Utama Solo | #73 | 12:08 | 12:10 |
| Fajar Utama Yk | #5 | 07:22 | 07:24 |
| Gajahwong | #73 | 15:19 | 15:21 |
| Gayabaru Malam Selatan | #50 | 11:38 | 11:40 |
| Jaka Tingkir | #73 | 18:36 | 18:38 |
| Jayakarta | #50 | 18:59 | 19:01 |
| Kahuripan | #49 | 00:26 | 00:28 |
| Kertanegara | #60 | 14:59 | 15:14 |
| Lodaya | #57 | 12:50 | 12:52 |
| Malioboro Ekspres | #22 | 10:19 | 10:21 |
| Mataram | #15 | 09:57 | 09:59 |
| Parcel Selatan | #57 | 01:57 | 02:01 |
| Parcel Tengah | #60 | 01:20 | 01:24 |
| Pasundan | #50 | 10:35 | 10:38 |
| Progo | #6 | 13:39 | 13:41 |
| Senja Utama Solo | #15 | 20:10 | 20:12 |
| Senja Utama Yk | #5 | 17:52 | 17:54 |
| Singasari | #49 | 22:07 | 22:09 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.