Kode PWT · 30 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Purwokerto dilalui 30 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Dwipangga | #53 | 12:58 | 13:01 |
| Argo Lawu | #36 | 11:07 | 11:10 |
| Argo Semeru | #53 | 10:36 | 10:41 |
| Bangunkarta | #59 | 13:22 | 13:27 |
| Batavia | #53 | 14:31 | 14:36 |
| Bengawan | #52 | 14:16 | 14:21 |
| Bima | #53 | 21:16 | 21:21 |
| Bogowonto | #27 | 10:49 | 10:54 |
| Cakrabuana | #1 | — | 05:30 |
| Fajar Utama Solo | #52 | 10:15 | 10:19 |
| Fajar Utama Yk | #26 | 09:31 | 09:36 |
| Gajahwong | #52 | 13:10 | 13:16 |
| Gajayana | #81 | 22:35 | 22:40 |
| Gayabaru Malam Selatan | #71 | 13:51 | 13:56 |
| Jaka Tingkir | #52 | 16:30 | 16:35 |
| Jayakarta | #71 | 21:04 | 21:11 |
| Kamandaka | #1 | — | 05:10 |
| Kertanegara | #81 | 17:24 | — |
| Madiun Jaya | #49 | 12:14 | 12:19 |
| Malioboro Ekspres | #1 | — | 08:20 |
| Manahan | #36 | 12:53 | 12:58 |
| Mataram | #36 | 11:52 | 11:57 |
| Parcel Tengah | #81 | 04:16 | 04:26 |
| Progo | #27 | 15:58 | 16:03 |
| Sawunggalih | #18 | 08:05 | 08:10 |
| Senja Utama Solo | #36 | 22:11 | 22:15 |
| Senja Utama Yk | #26 | 19:50 | 19:55 |
| Serayu | #5 | 06:00 | — |
| Singasari | #70 | 00:11 | 00:16 |
| Taksaka | #26 | 09:18 | 09:22 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.