Kode PK · 22 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Pekalongan dilalui 22 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Airlangga | #50 | 15:48 | 15:51 |
| Argo Anjasmoro | #47 | 16:32 | 16:35 |
| Argo Merbabu | #13 | 06:52 | 06:54 |
| Argo Muria | #51 | 11:20 | 11:22 |
| Argo Sindoro | #13 | 08:01 | 08:03 |
| Blambangan Ekspres | #50 | 16:59 | 17:02 |
| Brantas | #61 | 20:35 | 20:39 |
| Brawijaya | #51 | 19:54 | 19:57 |
| Ciremai | #13 | 09:13 | 09:16 |
| Dharmawangsa Ekspres | #50 | 14:08 | 14:11 |
| Gumarang | #47 | 20:21 | 20:23 |
| Harina | #33 | 03:19 | 03:22 |
| Joglosemarkerto | #27 | 08:50 | 08:53 |
| Kaligung | #9 | 05:59 | 06:02 |
| Kertajaya | #50 | 19:40 | 19:43 |
| Majapahit | #50 | 22:03 | 22:06 |
| Matarmaja | #72 | 18:13 | 18:16 |
| Menoreh | #13 | 07:48 | 07:50 |
| Parcel Utara | #54 | 02:14 | 02:24 |
| Sembrani | #47 | 12:09 | 12:11 |
| Tawang Jaya | #12 | 12:55 | 13:14 |
| Tawangjaya Premium | #50 | 11:33 | 11:37 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.