Kode PSE · 30 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Pasar Senen dilalui 30 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Airlangga | #1 | — | 09:15 |
| Bangunkarta | #110 | 18:33 | — |
| Bengawan | #1 | — | 08:55 |
| Blambangan Ekspres | #1 | — | 12:10 |
| Bogowonto | #78 | 15:54 | — |
| Brantas | #110 | 01:40 | — |
| Cikuray | #52 | 11:35 | — |
| Dharmawangsa Ekspres | #1 | — | 08:10 |
| Fajar Utama Solo | #1 | — | 05:40 |
| Fajar Utama Yk | #77 | 14:26 | — |
| Gajahwong | #1 | — | 07:55 |
| Gayabaru Malam Selatan | #122 | 19:03 | — |
| Gumarang | #96 | 01:10 | — |
| Jaka Tingkir | #1 | — | 11:50 |
| Jayakarta | #122 | 02:36 | — |
| Kenlimas Cargo | #1 | 23:47 | 00:31 |
| Kertajaya | #1 | — | 14:30 |
| Madiun Jaya | #100 | 17:04 | — |
| Majapahit | #1 | — | 17:40 |
| Mataram | #87 | 16:34 | — |
| Matarmaja | #121 | 23:09 | — |
| Menoreh | #62 | 12:31 | — |
| Progo | #78 | 20:46 | — |
| Sawunggalih | #69 | 12:41 | — |
| Senja Utama Solo | #87 | 02:51 | — |
| Senja Utama Yk | #78 | 00:32 | — |
| Singasari | #121 | 05:33 | — |
| Tawang Jaya | #61 | 17:48 | — |
| Tawangjaya Premium | #1 | — | 06:45 |
| Tegal Bahari | #1 | — | 10:40 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.