Kode MR · 11 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Mojokerto dilalui 11 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Semeru | #115 | 16:05 | 16:07 |
| Argo Wilis | #98 | 16:49 | 16:51 |
| Bima | #115 | 02:45 | 02:47 |
| Gayabaru Malam Selatan | #9 | 07:04 | 07:07 |
| Jayakarta | #9 | 14:23 | 14:25 |
| Mutiara Selatan | #9 | 18:45 | 18:47 |
| Parcel Selatan | #98 | 07:28 | 07:38 |
| Pasundan | #9 | 05:38 | 05:40 |
| Sancaka | #38 | 10:07 | 10:09 |
| Sri Tanjung | #37 | 11:27 | 11:30 |
| Turangga | #98 | 03:05 | 03:07 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.