36 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Kutoarjo dilalui 36 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Semeru | #70 | 11:59 | 12:02 |
| Argo Wilis | #53 | 12:48 | 12:51 |
| Bangunkarta | #42 | 11:40 | 11:43 |
| Batavia | #70 | 16:04 | 16:09 |
| Bengawan | #69 | 16:06 | 16:11 |
| Bima | #70 | 22:39 | 22:42 |
| Bogowonto | #10 | 09:15 | 09:18 |
| Cilace Trans | #20 | 03:52 | 03:57 |
| Commuter Line Prameks Kutoarjo | #1 | — | 05:10 |
| Fajar Utama Solo | #69 | 11:41 | 11:44 |
| Fajar Utama Yk | #9 | 07:51 | 07:54 |
| Gajahwong | #69 | 14:50 | 14:53 |
| Gajayana | #64 | 21:13 | 21:18 |
| Gayabaru Malam Selatan | #54 | 12:06 | 12:09 |
| Jaka Tingkir | #69 | 18:08 | 18:11 |
| Jayakarta | #54 | 19:30 | 19:35 |
| Kahuripan | #53 | 00:57 | 01:00 |
| Karsolo Service | #20 | 10:09 | 10:14 |
| Kertanegara | #64 | 15:43 | 15:49 |
| Kutojaya Selatan | #1 | — | 09:40 |
| Lodaya | #53 | 12:24 | 12:26 |
| Madiun Jaya | #32 | 10:49 | 10:54 |
| Malabar | #64 | 12:18 | 12:21 |
| Malioboro Ekspres | #18 | 09:50 | 09:55 |
| Manahan | #19 | 11:26 | 11:30 |
| Mataram | #19 | 10:23 | 10:26 |
| Mutiara Selatan | #54 | 23:02 | 23:07 |
| Parcel Selatan | #53 | 01:26 | 01:31 |
| Parcel Tengah | #64 | 01:50 | 02:00 |
| Pasundan | #54 | 11:06 | 11:09 |
| Progo | #10 | 14:09 | 14:14 |
| Sawunggalih | #1 | — | 06:30 |
| Senja Utama Solo | #19 | 20:37 | 20:40 |
| Senja Utama Yk | #9 | 18:19 | 18:22 |
| Singasari | #53 | 22:36 | 22:41 |
| Turangga | #53 | 22:54 | 22:59 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.