3 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Ceper dilalui 3 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Batavia | #84 | — | 17:42 |
| Cilace Trans | #34 | 06:34 | — |
| Commuter Line Yogyakarta | #7 | 05:39 | 05:40 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.